特集　実験デザインからわかる
　　　シングルセル研究実践テキスト
　　　シングルセルRNA-Seqの予備検討から解析のコツ、
　　　結果の検証まで成功に近づく道をエキスパートが指南

第1章　シングルセル解析をはじめる前に考えること

第2章　シングルセル解析実施前の予備検討：バルクRNA-Seq

第3章　公共データベースを用いた検討

第4章　シングルセル実験デザイン
　1．多種多様な細胞群を対象とした実験デザイン
　2．シングルセル解析における実験デザイン

第5章　サンプル調製
　1．サンプル調製で求められること
　2．組織からのサンプル調製の実例
　3．臨床検体からのscRNA-Seqサンプル調製の実例

第6章　実験の基本フロー
　1．シングルセルプラットフォーム選択の指標
　2．10x Chromiumによるシングルセル解析
　3．nanowell方式のscRNA-Seq解析プラットフォーム
　4．プレート型scRNA-Seqの特徴と実践
　5．1細胞核内情報解析のコツsnRNA-SeqとsnATAC-Seq

第7章　データ解析の基本フロー
　1．Seuratによるシングルセル解析
　2．Scanpyを用いたシングルセル解析のはじめ方と実践
　3．Cell Ranger解析ソフトウェア
　4．SeqGeqを用いたシングルセルRNA-Seq解析

第8章　シングルセル転写開始点・エンハンサー解析

第9章　複数のシングルセルデータの統合

第10章　二次解析，グラフィカルな表現法，共有
　1．RNA velocityによる遺伝子発現ダイナミクスの解析
　2．自動細胞型アノテーションと細胞間相互作用解析
　3．シングルセルレパトア解析の現状
　4．CellOracleによる細胞のゆらぎの表現

第11章　CELLxGENEによるインタラクティブなデータ共有

第12章　解析結果の検証，解釈
　1．マルチオミクスを用いたヒト心臓の細胞微小環境の解析
　2．三次元オルガノイドモデルアクシオロイドの特性評価
　3．公開データからの乳腺上皮細胞アトラス構築
　4．循環器疾患におけるシングルセル解析研究の実際

第13章　受託解析を利用したシングルセル解析のすすめ

第14章　データ共有，代表的なポータルの紹介

座談会　エキスパートが語るシングルセル研究のリアル