改訂の序（本書の改訂方針）
序（本書の編集方針）
著者一覧
Annual UpdateとWeb Supplementについて
Chapter1　まずはこれだけ！　解析環境を整える【坊農秀雅】
Chapter2　データを入手する
（1）RNA-Seqの注意点 〜外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど【木本　舞，岡田　宰】
［COLUMN］RNA-Seq vs マイクロアレイ【石井善幸】
（2）公共データの利用 〜SRA からのデータ取得【坊農秀雅】
Chapter3　転写産物の発現を定量する
（1）リファレンスゲノムにマッピングする方法① 〜HISAT2 + StringTie【飯田渓太，粕川雄也】
（2）リファレンスゲノムにマッピングする方法② 〜STAR + RSEM【上樂明也】
（3）リファレンスゲノムにマッピングしない方法 〜salmon，kallisto，tximport【露﨑弘毅】
［COLUMN］RNA-Seq 定量にまつわるFAQ【露﨑弘毅】
（4）転写開始点を解析する方法 〜CAGE【森岡勝樹】
［COLUMN］各種ツールの実行時間比較【丹下正一朗】
Chapter4　リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う 〜アセンブリからアノテーションまで【横井　翔】
［COLUMN］非モデル生物における機能アノテーション【野津　了，坊農秀雅】
Chapter5　発現変動遺伝子群を検出する【門田幸二】
Chapter6　サンプル間で発現変動した遺伝子群の機能を推定する 〜エンリッチメント解析【田村啓太】
［COLUMN］シングルセルクラスターの生物学的意義をGUI で解釈する 〜QIAGEN Ingenuity Pathways Analysis【執筆／Stuart Tugendreich，Jean-Noel Billaud，訳／國田竜太】
［COLUMN］アノテーション情報とID変換 〜Gene Ontology，BioMart，Spotfire【坊農秀雅】
Chapter7　サンプル間の類似度を比較する
（1）階層クラスタリング【横井　翔，坊農秀雅】
（2）主成分分析（PCA）【和泉隆誠，横井　翔】
［COLUMN］バルク解析とシングルセル解析【中山　淳，山本雄介】
Chapter8　公共データから興味あるデータを抽出，発現変動遺伝子群を検出する（メタ解析）
（1）ikra を使ったヒトやマウスのRNA-Seq データメタ解析【鈴木貴之，坊農秀雅】
（2）非モデル生物の生物種間比較によるトランスクリプトームのメタ解析【栂　浩平】
［COLUMN］ビブリオームを活用したマルチオミックス解析【小野擁子】
Chapter9　リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う 〜iDEP − ノーコードでRNA-Seq下流解析【安水良明】
［COLUMN］RNA-Seq でのリード数はどれぐらい？【坊農秀雅】
Chapter10　論文投稿に必須！ データを登録・公開する 〜DRA，DDBJ，GEA【児玉悠一】
［COLUMN］解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう【坊農秀雅】
索引