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実験医学別冊 空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド

鈴木穣・編

出版社

羊土社

発行日

2023/01/01

判型

B5

ページ数

243

ISBN

978-4-7581-2261-0

カテゴリ
本体価格 7,800円
(税込価格 8,580円)

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【目次】
特集 空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド
   最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ!
序―配列からバイオロジーへ
空間オミクス解析への期待
“使う”時代がやってきた
概論 空間オミクス解析の技術レビューと機器・データ解析ツール選択ガイド
◆ 実践編
第1章 技術とプロトコール
 1 空間トランスクリプトーム Visiumによる新鮮凍結/FFPE組織検体の解析
 2 空間トランスクリプトーム Visium のデータ解析ツール
 3 空間トランスクリプトーム ロングリードシークエンスを用いたscRNA-seqおよび
   Visiumの全⻑cDNA解析
 4 空間トランスクリプトーム 深層学習を活用したVisium測定結果の超解像度化
 5 空間トランスクリプトーム Xenium In Situ
 6 空間トランスクリプトーム HybISS(Hybridization-based in situ sequencing)
 7 空間トランスクリプトーム Stereo-Seq(STOmics)
 column ROI組織パンチングによる空間的遺伝子発現解析
 column セミバルクRNA-seq
 8 空間プロテオーム Hyperion Imaging Systemを用いた
   多重イメージングマスサイトメトリー
 9 空間プロテオーム PhenoCyclerを用いた多重蛍光免疫染色
 10 空間プロテオーム(空間トランスクリプトームも可能)
    GeoMxを用いたがん組織のマルチタンパク質発現解析
 11 空間メタボローム メタボロームと時空間オミクスの融合とイメージングマス
第2章 データベース
 12 バイオイメージングデータベースの現状と展望
 13 遺伝子発現データベースを活用した空間・発生解析
◆ 応用研究編
第1章 発展的空間オミクス解析
 1 空間オミクス解析を補う1細胞トランスクリプトーム技術の最前線
 2 空間トランスクリプトームと1細胞トランスクリプトームの統合解析
 3 空間トランスクリプトームに基づく細胞間相互作用ネットワークの解析技術
 4 セルオミクスによる臓器・全身の空間コンテキスト解析
 5 イメージングによるオミクス状態の推定
第2章 活用例と展望
 6 免疫研究と空間オミクス解析
 7 空間トランスクリプトームを用いた感染症研究の芽生え
 8 心臓血管疾患と空間オミクス解析
 9 がん免疫研究におけるシングル細胞解析と空間解析への展開
 10 精神医学研究におけるゲノム解析と空間トランスクリプトームの現状

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